在一个理想的支付系统里，资金的支付转移与相应的账务处理是同步的，即从付款方的贷方转入收款方的借方。但是在第三方支付系统中，由于存在延时交付或延时清算，资金的支付和账务处理是不同步的。
湛江恒企介绍，买方先将货款支付到第三方支付平台，卖方发货并且由买方确认收货后，第三方支付平台再将货款汇转到卖方的账户。在这个过程中，资金不能及时地由买方账户流转到卖方账户，因此出现了资金在第三方支付平台的沉淀。
买方在网上选购商品并付款后，为了增加买方能如实得到商品，货款暂不支付给卖方，而是由买方账户转到第三方支付公司的账户。对于买方来说，如果是直接用虚拟账户里的余额支付，则借记“预付账款”科目，贷记“虚拟账户存款——××第三方支付公司”科目；如买方通过网上银行支付，则借记“预付账款”科目，贷记“银行存款”科目。
对于卖方来说，买方付款后，第三方支付平台会通知卖方发货，但是由于网购“感受不到实物”的特殊性，卖方一般会向买方提供“七天退货退款”服务。
湛江恒企解释，也就是相当于销售合同规定了退货条款，并且企业又不能确定退货的可能性，因此卖方企业暂时不能确认收入，应借记“发出商品”科目，贷记“库存商品”科目。第三方支付公司收到买方支付的货款后，应借记“银行存款”科目，贷记“应付账款——卖方”科目。
从交易的整个过程来看，第三方支付平台在买方和卖方之间就是一个代管代收代付中介。
湛江恒企介绍，首先在买方付款后，第三方支付平台代卖方收取货款，代买方暂时保管资金;买方收到货物并确认收货后，第三方支付平台代买方将货款支付给卖方。由于付款和发货、收货和付款之间时差的存在，因此产生了资金在第三方支付平台的沉淀。
那么这部分沉淀资金在银行账户中所产生的利息收入，第三方支付平台应如何核算呢？这是一个比较有争论的话题。
湛江恒企介绍，支付宝对于其沉淀资金及利息收入的解释是:对于支付宝中沉淀的客户交易增加金所产生的全部利息，都以“应付账款”的形式放在相关银行账户中，支付宝并未将其作为收入进行使用。
第三方支付平台的虚拟账户具有充值、转账和提现等银行账户功能，相对于到银行现场办理业务，第三方支付平台更加和低成本。因此，应该鼓励更多的企业应用第三方支付平台，搭建一条企业间资金流转的便捷通道。相关部门应出台相应的政策，对正在国内普及的第三方支付平台进行有力的监管，增加用户的财产安全。
